התקופה הניאוליתית, בארכיאולוגיה של המזרח התיכון, נמשכת מ-9000 עד 4600 לפנה״ס ומחולקת לתקופות משנה. בנגב כולו ידועים כיום 30 אתרי מגורים מתקופה זו, תשעה מהם בנגב הדרומי. לעומתם, תועדו עד היום בנגב הדרומי 367 אתרי פולחן הבנויים על הרים, מסוג שטרם התגלה במזרח התיכון, רובם המכריע בהרי אילת.
באתרים אלה מתגלים מתקני אבן נמוכים, עגולים, סגלגלים ומאורכים, וברבים מהם זוגות מתקנים במתקונת קבועה- מתקן מאורך מכוון אל מתקן עגול.
פרטי אבן יוצאי דופן מתגלים באתרים אלה: מצבות אבן בודדות או בזוגות, שלישיות ושבעיות; מצבות מחוררות, צלמים דמויי אדם שלרובם רק צואר מעובד; אבנים מעובדות המסמלות פריון נשי; קערות אבן; מתקנים זעירים דמויי עציץ; ובתים מיניאטורים.
מכלול חפצי האבן והצורה הסמלית של המתקנים עצמם, מלמדים על שני נושאים פולחניים- פריון ומוות, והשילוב בינהם מעיד כי אתרים אלה הוקדשו לפולחן האבות (הנפטרים). אחד האתרים, מעל נחל רודד, נחפר בחלקו ונחשפו בו מבנה אבן עגול וכתם אפר גדול שקטרו 5 מ׳ לפחות ועמקו הנוכחי 20 ס״מ. בחפירה התגלו מאות פרטי צור, כולל ראשי חץ האפיניים לניאולית הקדום, ומאות עצמות של עופות דורסים. עד עתה לא התגלו עצמות של בעלי חיים או עופות אחרים אלא דורסים בלבד. ארבע תאריכים רדיומטריים שהתקבלו עד כה מהאתר הם מסוף האלף השמיני לפנה״ס (9000-9200 שנה לפני זמננו). כלל הממצאים מהאתרים מעידים כי השימוש בהם נמשך עד סוף האלף השישי לפנה״ס.
האתרים המדוברים מייצגים כמה תופעות יוצאות דופן:
א. מספרם של אתרי הפולחן גבוה פי 40 ממספר אתרי המגורים הידועים בנגב הדרומי, וזאת כשרק מעט מהשטח ההררי של הנגב הדרומי נסקר. כלומר, המספר האמיתי של אתרים אלה עשוי להיות גבוה בהרבה מזה הידוע כיום, ובכל מקרה, בתקופה הנדונה אוכלוסית הנגב היתה גדולה מכפי ששוער עד עתה.
ב. ריבוי האתרים מעיד כי הפולחן תפס מקום מרכזי בחייהם של תושבי האזור; ריבוי חפצי הפולחן וחזרתם העקבית מלמדים על קיומה דת מגובשת שהתפתחה במדבר, שבתכונות מסויימות הקדימה את ההתפתחות הדתית בארץ הנושבת. לדוגמא, קבוצות המצבות מיצגות קבוצות אלים ופנתיאון מורכב, בעוד שבשאר המזרח הקדום הופיעו הפנתיאונים המורכבים רק עם הופעת הערים, סביב 3000 לפנה״ס, כלומר 4000 שנה אחרי הופעתם במדבר. ממחקרים על סוגים נוספים של אתרי פולחן וקבורה במדבר ובארץ הנושבת עולה כי אנשי המדבר היו פעילים ויצירתיים בתחום הרוח, והשפיעו השפעה עמוקה על התרבויות השכנות, למרות נחיתותם החמרית.
ג. אתרי פולחן בראשי הרים ידועים במקומות שונים בעולם, בתקופות מאוחרות יותר, ויתכן שהאתרים הניאוליתים מסמנים את ראשיתה של התפיסה הרואה בהרים קדושה, קרבה לאלים ויעדים לעליה לרגל. נוסף לכך, נראה כי מיקום האתרים מלמד כי המבט הרחב על הסביבה היה חשוב לקדמונים, ולתפיסתם- גם לאבותיהם הנפטרים.
לגילוי האתרים היו שותפים מוטי שם-טוב, ליאור אנמר, רחמים שם-טוב, דודי ריבנר ודני מולכו. לחפירות שותפות מיכל בירקנפלד מרשות העתיקות, ליאורה הורביץ מהאוניברסיטה העברית ומתנדבים.
