מתקן הקדם לטיפול בשפכי מחלבת יטבתה (איור 1) ממוקם כ 300 -מטרים מהמפעל. מתקן זה, שהוקם בשנת 2005 ומוגדר כמתקן אנאירובי, קולט את שפכי המחלבה הנוצרים כתוצאה מתהליכי הייצור.
בשנים הראשונות לפעילותו הוא קלט גם את שפכי רפת ערבה הנאספים ממכון החליבה ומחצר ההמתנה הצמודה לו. עם הזמן התברר שטיפול בשפכי רפת במתקן מסוג זה איננו אידאלי עקב ריכוז גבוה של מוצקים מרחפים שאינם מתפרקים בתהליך כזה. לפיכך שינה המתקן את ייעודו והוגדר כמתקן קדם ולא מט”ש (מתקן טיפול בשפכים), והוא מטפל בשפכי תעשייה במטרה להביא אותם לרמה של שפכים סניטריים ביתיים.
מתקנים כאלה יעילים בייחוד בטיפול מקדים של שפכי תעשיה מרוכזים ושל תעשיית מזון בפרט.
המתקן, שהקמתו נוהלה על ידי מחלבת יטבתה בעלות הקמה של כמיליון דולר, מספק פתרון מלא לטיפול הקדם בשפכים הגולמיים כדי להביא אותם לאיכות הנדרשת.
בזמנו היה זה המתקן הראשון מסוגו שהוקם בקבוצת שטראוס.